داریوش مصطفوی در سال‌های پایانی دهه ۸۰ شمسی از فدراسیون فوتبال بابت عدم دریافت مطالبات خود شکایت کرد و با استفاده از حکم دادگاه توانست این پول‌ها که چیزی حدود ۲۲۰ میلیون تومان می‌شد را از حساب فدراسیون به حساب خود منتقل کند.
اتفاق مذکور به شدت باعث عصبانیت علی کفاشیان، رئیس وقت فدراسیون فوتبال شد و او طی مصاحبه‌ای که ۱۳ مهر ۱۳۸۹ در خبرورزشی منتشر شد، به شدت مصطفوی را زیر بار انتقاد گرفت:
- از دوران حضور داریوش مصطفوی در فدراسیون فوتبال مدارک جالبی داریم که آن‌ها را در دادگاه پیگیری می‌کنیم. ما نامه‌ای از دوران ریاست محسن صفایی فراهانی در فدراسیون داریم که خطاب به سازمان تربیت بدنی نوشته داریوش مصطفوی ۱۸۰ میلیون تومان از فدراسیون قرض گرفته و آن را پس نداده است! (داریوش مصطفوی آذر سال ۱۳۷۶ از فدراسیون فوتبال رفت. در آن زمان قیمت دلار زیر ۶۵۰ تومان بود)
- آقای مصطفوی ۶۰میلیون تومان هم از حساب فدراسیون فوتبال جدا از آن ۲۰۰میلیون مورد نظر بیرون کشیده و این مبلغ ۶۰میلیون تومان را به عنوان حق بازنشستگی خود برداشت کرده است (در مقطعی که کفاشیان به آن اشاره می‌کند قیمت دلار ۱۰۰۰ تومان بود) ما از طریق بازرسی و حراست سازمان تربیت بدنی پیگیر موضوع هستیم و از آن به سادگی نمی‌گذریم.
- اگر فردی از مزایای ورزش استفاده کرده نباید شکایت خود را به خارج از دنیای فوتبال بکشاند بنابراین عضویت او در عرصه فوتبال لغو شده و از دایره مسئولیت‌های این رشته خارج خواهد شد.
توضیح خبرورزشی: داریوش مصطفوی در پاسخ به ادعای علی کفاشیان مدعی شد قوه قضاییه به او حکم داده و همه چیز قانونی بوده است. مصطفوی از سال ۱۴۰۱ دوباره به عنوان رئیس کمیته صدور مجوز حرفه‌ای به فوتبال برگشت اما در آن زمان کفاشیان دیگر سمتی نداشت.
