پس از برکناری وینفرد شفر در بهار ۱۳۹۸، این مربی بدون دریافت مطالبات خود از ایران رفت و به باشگاه مهلت چندماههای داد تا پولش را بپردازند اما چنین اتفاقی رخ نداد.
مرد آلمانی اواسط سال ۹۸ تهدید به شکایت کرد ولی برخی مدیران آن زمان استقلال مدعی بودند پرونده را با نزدیک به صفر ریال هزینه میبندند! البته آنها پس از قهر استراماچونی استعفا دادند و پرونده حضور خودشان در استقلال بسته شد اما داستان شفر ادامه پیدا کرد.
اواسط شهریور ۱۳۹۹ هنگامی که استقلال آماده حضور در مراحل پایانی لیگ قهرمانان آسیا میشد، فیفا اعلام کرد به خاطر شکایت وینفرد شفر، پنجره نقل و انتقالاتی آبیپوشان بسته شده است! مدیران استقلال پس از دریافت حکم قطعی فیفا بلافاصله با شفر تماس گرفته و درخواست مصالحه یا گرفتن مهلت کردند اما مرد آلمانی به درخواست استقلالیها پاسخ رد داد و ۱۹ شهریور ۱۳۹۹ طی مصاحبهای پیرامون این ماجرا گفت: هیچوقت لطف هواداران استقلال را از یاد نمیبرم اما داستان طرفداران باشگاه با مدیریت کاملا مجزاست. مشکلاتی که الان برای استقلال ایجاد شده ارتباطی به من ندارد و تا وقتی پولم را نگیرم، هیچ مکاتبهای با فیفا انجام نخواهم داد. پنجره استقلال تا زمانی که اصل طلب و غرامتم را ندهد، بسته میماند.
شفر ادامه داد: من مشکلی با برکناری نداشتم چون جزئی از فوتبال است اما برخوردهایی که مدیران استقلال بعد از این ماجرا با من انجام دادند، هرگز از یادم نمیرود. فردای روزی که اخراج شدم، به تمرین استقلال در منطقه تهرانسر رفتم تا از شاگردانم خداحافظی کنم اما اجازه ورود به آنجا را ندادند و گفتند شما حق وارد شدن به فضای تمرین را ندارید! حتی بعضی از مدیران استقلال به من تهمت دلالی و گرفتن رشوه از بابت جذب بازیکنان خارجی این تیم زدند بنابراین حالا باید تاوان کارشان را پس بدهند.
