پس از قهرمانی استقلال در پنجمین دوره رقابتهای لیگ برتر که بهار سال ۱۳۸۵ حاصل شد، امیر قلعهنویی سرمربی وقت این تیم میخواست با جذب بازیکنان مدنظرش آماده حضور در لیگ قهرمانان سال ۲۰۰۷ شود که قرار بود از زمستان ۱۳۸۵ استارت بخورد. استقلالیها آماده این پروژه شده بودند اما پس از پایان جام جهانی ۲۰۰۶ و قطع همکاری برانکو ایوانکوویچ با تیم ملی فوتبال کشورمان، قلعهنویی طی فرایندی عجیب به عنوان سرمربی جدید تیم ملی انتخاب شد تا دیگر نتواند روی نیمکت استقلال بنشیند.
در چنین شرایطی صمد مرفاوی که سالها دستیار اول امیر بود و تیم را برای حضور در لیگ ششم هم آماده میکرد، در روز ۱۱ مرداد ۱۳۸۵ حکم سرمربیگری خود را دریافت کرد تا برای نخستین مرتبه چنین فضایی را در استقلال تجربه کند.
البته امیر هم استقلال را به طور کامل رها نکرد چون برای او حکم ریاست بر سازمان فوتبال استقلال را صادر کردند! حکمی غریب که به نوعی همان کارایی مدیر فنی را داشت. البته دوران حضور قلعهنویی در استقلال طی آن مقطع در اسفند ۱۳۸۵ و پس از مسجل شدن عدم حضور این تیم در لیگ قهرمانان آسیا به واسطه همان ماجرای معروف عدم ارسال به موقع لیست، خاتمه پیدا کرد.
